Desde mediados de los ochentas a mediados de los noventas, Stella creó una amplia colección de trabajos que respondían, de forma general, a la obra de Herman Melville, Moby Dick. Durante este tiempo, el cada vez más profundo relieve de las pinturas de Stella dio lugar a una completa tridimensionalidad, con formas esculturales derivadas de conos, pilares, curvas francesas, olas, y elementos de decorado arquitectónico. Para crear estas obras, el artista utilizó collages y maquetas que habían sido agrandadas y recreadas con la ayuda de asistentes, curtidores industriales de metales y tecnologías digitales.
Durante los noventas, Stella comenzó a crear esculturas sin soporte para espacios públicos, desarrollando proyectos arquitectónicos. En 1993, por ejemplo, creó el esquema decorativo entero del Teatro Princesa de Gales en Toronto, que incluía un mural de diez mil pies cuadrados. Su propuesta en 1993 para crear un jardín "kunsthalle" en Dresde no rindió frutos. En 1997, pintó y vigiló la instalación del Proyecto Stella, que sirve de pieza central en el teatro y lobby de la Casa de Ópera Moore, localizada en la escuela de música de Rebecca y John J. Moore, en el campus de la Universidad de Houston, en Houston, Texas.34 Su "bandshell" de aluminio, inspirada por un sombrero de Brasil capaz de doblarse, fue construida en los suburbios de Miami en 2001; una escultura monumental de Stella fue instalada afuera de la Galería Nacional de Arte en Washington, D.C.
De 1978 a 2005 fue dueño del edificio Van Tassell y Kearney Horse Auction Marte, utilizándolo como su estudio. Su administración de treinta años del edificio resultó en la limpieza y restauración de su fachada.
El trabajo de Stella fue incluido en diversas exhibiciones importantes sobre el arte de los años sesenta; entre ellos Lienzo Moldeado (1965) y Pintura Sistemática (1966) por parte del Museo Solomon R. Guggenheim. Su arte ha sido sujeto de numerosas retrospectivas en los Estados Unidos, Europa y Japón. Entre los muchos honores que ha recibido se encuentra la invitación de la Universidad de Harvard para brindar las Lecturas Charles Eliot Norton en 1984. Haciendo un llamado por el rejuvenecimiento de la abstracción a través de la profundidad de la pintura barroca, estas seis pláticas fueron publicadas por la Harvard University Press en 1986, bajo el título "Espacio de trabajo".
Stella continúa viviendo y trabajando en Nueva York. Asimismo, se encuentra activo protegiendo los derechos de sus compañeros artistas. El 6 de junio de 2008 éste (junto con el presidente de la Sociedad de Derechos de los Artistas, Theodore Ceder7) publicó un artículo en el "Periódico de Arte", denunciando una supuesta ley de "obras huérfanas" en la que se "remueve la pena de violación de los derechos de autor si el creador de una obra, tras una búsqueda extensa, no puede ser localizado".
